O Presidente da Escola é o órgão superior de governo e de representação externa da instituição. É o órgão de condução da política da Escola, que preside ao Conselho de Gestão. Podem ser eleitos Presidente da Escola os professores e/ou investigadores da própria instituição. O Presidente é coadjuvado por dois vice-presidentes.

Presidente

Prof. Doutor António Fernando Salgueiro Amaral

Vice-presidentes

Prof. Doutora Maria da Conceição Gonçalves Marques Alegre de Sá

Prof. Doutora Maria Manuela Frederico Ferreira

Adjuntos da Presidência

Prof. Doutor Armando Manuel Marques Silva

Prof. Doutora Dulce Maria Pereira Garcia Galvão

Prof. Doutor José Carlos Pereira dos Santos