A Secção de Contabilidade tem como principais atribuições o apuramento, contabilização e processamento da despesa relativa ao orçamento de receita própria, a requisição, o controlo e a execução das verbas respeitantes ao Orçamento de Estado e a gestão dos fundos comunitários.
É ainda da responsabilidade deste Serviço manter atualizado o inventário e cadastro dos bens móveis e imóveis, em conformidade com as normas vigentes.