La Escuela Superior de Enfermería de Coímbra resulta de la fusión de la Escuela Superior de Enfermería Dr. Ângelo da Fonseca y de la Escuela Superior de Enfermería de Bissaya Barreto en conformidad con el artículo 4.º del decreto ley n.º 175/2004, de 21 de julio (Dley n.º 170 - I serie A).

La Escuela Superior de Enfermería Dr. Ângelo da Fonseca fue fundada en 1881 por el Prof. Augusto da Costa Simões, médico y administrador de los Hospitales de la Universidad de Coímbra. Con un cariz particular, la escuela, que por aquel entonces recibió el nombre de Escuela de los Enfermeros de Coímbra, empezó su funcionamiento el 17 de octubre de ese mismo año con el objetivo principal de formar personal de enfermería para prestar servicios en esos hospitales. En mayo de 1919, se convirtió en escuela oficial bajo la denominación de Escuela de Enfermería de los Hospitales de la Universidad de Coímbra. El 8 de enero de 1931 adoptó la designación de Escuela de Enfermería del Dr. Ângelo da Fonseca (Resolución 7001, de 8 de enero de 1931). El 19 de julio de 1982, obtuvo la designación de Escuela de Enfermería Posbásica del Dr. Ângelo da Fonseca (decreto de Gobierno n.º 28/87, de 31 de julio). Como consecuencia de la integración de la enseñanza de enfermería en la educación superior, esta institución adoptó la nomenclatura de Escuela Superior de Enfermería Dr. Ângelo da Fonseca (Resolución 821/89, de 15 de septiembre) (Diario de la República, I serie B de 10 de enero, decreto normativo n.º 3/2004).

La Escuela Superior de Enfermería de Bissaya Barreto (ESEBB), inicialmente llamada Escuela de Enfermería de Bissaya Barreto, fue creada por la Resolución n.º 231/71, de 3 de mayo, como un servicio oficial del Ministerio de Sanidad y Asistencia dotado de autonomía técnica y administrativa para funcionar junto al Centro Hospitalario de Coímbra, cuyas necesidades de personal de enfermería, a nivel de enfermeros generales y de enfermeros especialistas, le competía satisfacer. El 30 de junio del mismo año, se dio a conocer en el Diario de la República (II serie, n.º 152), la constitución de la Comisión Instaladora responsable de la delicada tarea de concretizar esta obra, que tuvo por presidente a su fundador - el Prof. Fernando Baeta Bissaya Barreto Rosa. Asimismo, pertenecieron a esta comisión los enfermeros Delmina dos Anjos Moreira y José Pinto Teles. Su reconversión tuvo lugar a partir de la Resolución n.º 821/89, de 15 de septiembre. A partir de la publicación del decreto ley n.º 480/88 de 23 de diciembre, la escuela empezó a estar tutelada por el Ministerio de Educación y el Ministerio de Sanidad y, a partir del 1 de enero de 2001, el Ministerio de Ciencia y de Educación Superior obtuvo su tutela exclusiva. 

Para conseguir que la fusión de las escuelas se hiciera realidad se creó una Comisión de Coordinación de la Fusión, que empezó sus funciones el 27 de octubre de 2004. Consciente de la complejidad de todo este proceso, esta comisión propuso la participación de toda la comunidad escolar en las diferentes iniciativas, organizó diversos grupos de trabajo y dinamizó la participación de los diversos cuerpos de ambas escuelas. De este modo, se programaron debates para que se llevase a cabo la elaboración de no solo una propuesta de misión, visión y formas de organización de la nueva escuela, sino también del Proyecto de Estatutos de la Escuela Superior de Enfermería de Coímbra, que se envió a la Comisión Estatutaria. Asimismo, esta comisión se encargó de aprobarlos y de empezar sus funciones el 19 de diciembre de 2005. Los primeros Estatutos de la Escuela Superior de Enfermería de Coímbra fueron homologados por el decreto normativo n.º 20/2006, de 17 de marzo, cuya publicación consta en el Diario de la República n.º 55 - I serie B.

Posteriormente, la asamblea estatutaria, reunida el 28 de marzo de 2006, aprobó el emblema de la Escuela Superior de Enfermería de Coímbra y procedió a su divulgación y publicación por el  decreto conjunto n.º 421/2006 de 21 de mayo (decreto n.º 101 - II serie)

Más tarde, en el marco de la ley n.° 62/2007, de 10 de septiembre (régimen jurídico de las instituciones de educación superior), la Escuela Superior de Enfermería de Coímbra procedió a la revisión de sus estatutos, los cuales fueron homologados por el decreto normativo n.º 50/2008, de 9 de septiembre, y publicados en el Diario de la República, de 24 de septiembre de 2008.